Objectifs des TPs
Les différentes séances de TPs ont été mises en place de manière à vous fournir un aperçu de deux méthodes qui sont utilisées en routine dans de nombreux laboratoires de biologie moléculaire : le séquençage ARN et la RT-qPCR. Ces méthodes sont relativement complexes et peuvent, si mal comprises/appliquées, générer des résultats qui semblent plausibles mais sont, en réalité, artéfactuels.
Les objectifs de ces séances sont :
- Que vous ayez un aperçu des différentes étapes qui permettent, sur base d’un jeu de données RNA-seq, d’identifier les gènes différentiellement exprimés.
- Que vous soyez en mesure d’utiliser les outils de base qui permettent d’analyser une liste des gènes différentiellement exprimés (e.g., Gene ontology, analyse manuelle).
- Que vous soyez capable, sur base de la liste de gènes différentiellement exprimés (DEGs), d’identifier des gènes candidats qui permettraient la validation d’une analyse RNA-seq par RT-qPCR.
- Que vous soyez capable de dessiner les amorces permettant l’amplification des gènes candidats sélectionnés.
- Que vous soyez capable de réaliser toutes les étapes de la RT-qPCR, depuis l’extraction d’ARN jusqu’à l’analyse des données de qPCR.
- Que vous soyez en mesure, sur base d’un jeu de données réel de transcriptomique, d’illustrer les concepts abordés aux cours théoriques.