Jour 1 & 2 - Analyse de RNA-seq

Au cours de ces deux premières journées de TP, nous allons voir ensemble un exemple d’analyse de résultats de séquençage ARN (“RNA-seq”). Ce type d’analyse est de plus en plus souvent utilisé en routine dans la Recherche et la plupart d’entre vous y seront confrontés, que cela soit en laboratoire ou dans la littérature scientifique. C’est la raison pour laquelle nous abordons, au cours de ces deux après-midis, un aperçu d’un pipeline couramment utilisé pour analyser ce type de données.

Le plan de ces deux après-midis de TP est le suivant :

  1. Contexte biologique ;
  2. Analyse d’un cas d’étude :
    • Création des librairies et séquençage ARN.
    • Mapping des reads sur le génome.
    • Normalisation et identification des DEGs.
  3. Analyse des DEG :
    • Outils d’analyse de Gene Ontology.
    • Identification de gènes candidats.