Identification de gènes différentiellement exprimés.
Jeu de données original
Pour télécharger la matrice de compte, rendez-vous dans l’onglet “Downloads”.
Disponibilité des graphiques
Ici, vous trouverez tous les graphiques qui auront été générés au travers du script d’analyse.
Analyse de contrôle qualité
Premièrement, voici les résultats des analyses QC.
En premier lieu, voici la heatmap permettant de mettre en évidence la relation entre les différents gènes différentiellement exprimés :
et voici l’analyse en composante principale (PCA) :
Identification of DEGS
A. Effect of the treatment on WT plants
Voici le Volcano plot montrant les DEGs suite à la réalisation des traitements chez les WT :
La liste des DEGs est disponible ici:
B. Effect of the genotype : WT vs mutant plants
Voici le Volcano plot montrant les DEGs chez le mutant par rapport au WT, dans les conditions standard :
La liste des DEGs est disponible ici:
Comparison using Venn diagrams
Premièrement, comparons le recouvrement entre les DEGs causés par le génotype et ceux causés par le traitement :
Ensuite, réalisons la même comparaison, mais en séparant les gènes up- et down-régulés dans deux groupes différents :
Quelles sont vos conclusions ?