Que mesurer ? Comment ?
Comment récolter les données
Il existe de nombreuses manières de récolter les données, selon le type d’analyse effectuée : via des mesures manuelles (e.g. taille de fleurs, moment de floraison), l’analyse d’images (réponses de jeunes plantules à des stimuli, analyse de traits phénotypiques complexes), la récolte de données complexes (séquençage ARN, spectrométrie de masse, etc).
Dans le cadre de cette semaine de travaux pratiques, les données seront acquises via l’analyse d’images. Pour cela, nous avons utilisé un automate afin de collecter, toutes les 90 minutes, des images des boites sur lesquelles poussent différents génotypes d’Arabidopsis thaliana. Ces boites, exposées à différents stimuli lumineux, permettent de visualiser la progression de la réponse phototropique au cours du temps en fonction de la lumière et du temps.
Afin de répondre à votre question biologique, il est nécessaire de collecter les données adéquates. Pour cela, nous devons établir :
- Quel type de données va-t-on récolter ? Le but est de savoir le type de données qui permettra de répondre à notre question biologique. Une distance ? Une direction ? Une taille ? Une couleur ?
- Que mesurer exactement ? Il est nécessaire d’établir un protocole de mesure clair. Pour cela, il faut déterminer l’organe à mesurer et mettre au point un protocole utilisant des paramètres qui seront les plus objectifs possibles. Par exemple, si l’on désire compter le nombre de feuilles sur une plante, on décidera de ne prendre en compte que les feuilles d’une taille supérieure à un certain seuil (ex. > 2mm).
- Réaliser les mesures : quel(s) outil(s) employer ? Quels paramètres ? Quand les mesurer afin de capturer au mieux l’effet désiré.