Il arrive fréquemment aux chercheurs de collecter des données sous la forme d’images. En fonction du domaine de recherche, il peut s’agir d’images microscopiques (images de virus en microscopie électronique) mais aussi d’images satellitaires (images satellites pour étudier l’évolution des écosystèmes). Quelle qu’en soit la nature, les scientifiques auront recours à des outils/applications afin de les analyser et d’en extraire les données pertinentes qui permettront de fournir des éléments de réponse quant à la problématique à laquelle ils font face. Dans le domaine de la biologie, un outil, appelé ImageJ, est particulièrement prisé par de nombreux scientifiques. Cette application, développée et maintenue par le US National Institute of Health (NIH) est disponible en accès libre et dispose de toutes les fonctionnalités nécessaires à de nombreux types d’analyse d’image, même très complexes ou très spécialisées. En effet, le caractère “open-source” de ce logiciel a permis à de nombreux scientifiques de développer des modules complémentaires afin d’adapter les processus d’analyse d’image à des problématiques spécifiques. Par ailleurs, ImageJ permet aussi l’implémentation de systèmes d’automatisation permettant d’analyser des milliers d’images en quelques heures. Cet outil est fréquemment utilisé au laboratoire de Physiologie végétale, par exemple pour analyser les modulations de l’architecture racinaire en réponse à des stimuli extérieurs ou bien afin de caractériser les changements phénotypiques qui se produisent lors de l’exposition de plantes à des gradients lumineux particuliers.
Ces travaux pratiques de Physiologie végétale ont pour but d’étudier la réponse de jeunes plantules, mutantes ou non, à différents types de stimuli lumineux. Les années précédentes, cela impliquait, à la fin du traitement, de scanner les boites et de mesurer manuellement les paramètres qui nous permettaient d’évaluer la réponse des plantules à ces stimuli. Cependant, nous disposons depuis peu un d’un automate de phénotypage de boites de cultures (décrit lundi), mis au point par Anthony Fratamico. Afin de minimiser l’aspect redondant de la collecte manuelle de données, il a par ailleurs mis au point un script informatique utilisant imageJ afin de collecter automatiquement les données d’intérêt. Cependant, à titre d’exemple, nous allons réaliser quelques mesures au moyen d’imageJ afin que vous puissiez comprendre la manière avec laquelle le logiciel fonctionne. Pour cela, vous trouverez ci-dessous l’aide mémoire reprenant les procédures manuelles permettant la collection des données.